航运与物流管理系要追源到上世纪80年代上海交运局职工大学交通营运管理系，当时该系的专业均面向交通行业，开设有交通运输管理、运输会计等专业，90年代以后，为适应改革开放与上海地区经济的发展需要，在上海又率先开设了国际货运代理专业。当时，作为为上海培养地区性交通运输职业技术人才的学校，在社会上获得良好的口碑与声誉。2001年随着学院转制后，重点建设物流管理和报关预国际货运等专业。

无论是从转制前的上海交运局职工大学还是现在，本系部的专业设置与布局始终面向交通行业，永利55402始终坚持一个原则，就是专业设置必须紧扣上海地方经济的发展和产业结构调整，为上海国际航运中心建设，为上海打造全国物流示范城市的建设目标提供数量足够、质量优良、结构合理的技术技能人才。为此，经过多年的专业发展与建设，形成了比较完备、具有综合交通行业特色、服务于上海地区经济、以交通物流为核心的专业群。本专业群开设的专业有：物流管理（口岸物流方向）、集装箱运输管理、报关与国际货运、国际商务、会计、港口机械与自动控制、航海技术等七个专业。

在以前长期的办学过程中，依托交通行业背景，本专业群在教学资源库建设、专业教学、学生实习、师资融通、校外实习实训基地建设以及学生创新基地等诸多方面都与企业进行广泛的合作，引进企业元素，与企业深度融合。逐步从最早的与企业松散型合作关系到建立稳定的校外实习实训基地，再发展到“引名企入校园、寓教学于企业、融专业入社会”的历程，逐渐形成了“教学合作、管理参与、就业订单、文化融入”的“订单式”校企合作高技能人才培养模式。

“物流管理”专业是085工程重点建设专业，上海市特色建设专业，该专业学生多次在全国物流竞赛中获得优异成绩，并曾在2014年，获上海市高职高专院校重点专业教学设计比武一等奖。由于专业的良好声誉与社会影响，该专业最早获批中高职贯通培养模式，目前，该专业除了通常的三年制专业培养模式外，还拥有五年制中高职贯通“点对点”体内循环以及“点对面”体外循环两类培养模式。

“集装箱运输管理”（港口装卸现场管理）专业是教育部认定的国家级示范性建设试点专业。

“报关与国际货运”专业为上海市示范性建设试点专业。基于其多年专业办学的历史沉淀与社会影响，目前已获批中高职贯通培养专业。该专业曾经有一位学生经过一系列选拔和角逐，以全国第一名的成绩代表中国参加了2017年10月在阿联酋阿布扎比举行的第44届世界技能大赛（国际货运代理项目），为专业获得良好社会声誉，因此，本院被选为世界技能大赛货运代理项目上海选手培训基地，在历年的该项目全国选拔赛中都有选手输出。