港航工程系设有港口机械与智能控制、集装箱运输管理、航海技术、轮机维护与管理、智能机电技术、机电一体化技术、数控技术等专业。其中，集装箱运输管理专业是国家教育部重点专业试点，上海市特色专业；“港口机械与自动控制”专业为上海市紧缺人才专业、上海市一流专业；本系专业自开设以来为上海及周边省市交通及港口业输送了大量优秀人才，不少毕业生在企业中担任重要职务，成为业界骨干和栋梁之才。专业的主要对口输送企业有：上海国际港务（集团）股份永利55402、上海振华重工(集团)股份永利55402、上海市客运轮船永利55402、上海久事旅游、城投水务等大型国企。